כשל בקרת טמפרטורה הוא הבעיה השכיחה ביותר בהפעלת מערכות חמות, ורוב התקלות קשורות קשר הדוק לכשל, הזדקנות והתקנה לא נכונה של צמדים תרמיים תומכים. בעיות נפוצות של בקרת טמפרטורת רץ חם כוללות מדידת טמפרטורה לא מדויקת, בריחת טמפרטורה, חוסר איזון חימום מקומי, סטיית תצוגת טמפרטורה ואזעקה תכופה של בקר הטמפרטורה, מה שיוביל ישירות לריור של המוצר, ציור חוטים, הצטמקות, פירוק חומרים ומוצרים פגומים אחרים.
מדידת טמפרטורה לא מדויקת נגרמת בעיקר מהזדקנות של צמד תרמי, חמצון בדיקה ומגע רופף. לאחר פעולת-לטווח ארוך בטמפרטורה-גבוהה, הבדיקה של הצמד התרמי מתחמצן וקורוזיציה על ידי גז נמס, וכתוצאה מכך עיכוב חישת טמפרטורה ושגיאת מדידה גדולה. פער התקנה לא תקין בין הצמד התרמי לשרוול החימום יגרום גם לכך שלא ניתן להעביר את הטמפרטורה במדויק, מה שהופך את הטמפרטורה האמיתית של הרץ החם לא עולה בקנה אחד עם טמפרטורת התצוגה.
בריחת טמפרטורה היא סכנה נסתרת רצינית של פעולת רץ חם, בעיקר בגלל מעגל פתוח של מעגל תרמי וקצר חשמלי. כאשר קו הצמד התרמי נשבר או דלף, בקר הטמפרטורה אינו יכול לקבל אותות חישה, וכתוצאה מכך חימום מתמשך של טבעת החימום, התחממות יתר מקומית של סעפת וזרבובית, פירוק ופחממה של נמס פלסטיק, ואפילו שריפת רכיבי הרץ החם. חוסר איזון בחימום מתרחש לעתים קרובות ברצים חמים מרובי-אזורים. ההבדל בין דיוק החישה של הצמד התרמי בכל אזור מוביל לטמפרטורת חימום לא עקבית של כל ענף רץ, וכתוצאה מכך מהירות מילוי ואיכות דפוס שונה של כל מוצר חלל.
סטיית תצוגת הטמפרטורה ואזעקת הבקר נגרמות בדרך כלל מאי-התאמה של דגם צמד תרמי שגוי, חיבור חיובי ושלילי שגוי של חוט העופרת ונזק לשכבת הבידוד של חוט ההובלה. משתמשים רבים מתאימים בטעות לצמדים תרמיים מסוג J- ו-K-, וכתוצאה מכך סטייה קבועה של מדידת הטמפרטורה. בנוסף, חוט ההובלה בטמפרטורה-גבוהה של הצמד התרמי ניזוק על ידי שחול עובש והזדקנות-בטמפרטורה גבוהה, מה שגורם להפרעות איתות ולקפיצה תכופה של תצוגת הטמפרטורה. פתרון בעיות אלו צריך להתחיל בבדיקה קבועה של צמדים תרמיים, התקנה סטנדרטית, החלפה קבועה של חלקים מזדקנים והתאמת אביזרי דגם מקוריים.
